<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi all,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Here is an example of my code up until I get I get the following error:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="line-height:10.25pt;background:black;word-break:break-all">
<span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:#C397D8;mso-fareast-language:DE">> names(s) <- as.Date(modis.hdf[[1]], "A%Y%j")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="line-height:10.25pt;background:black;word-break:break-all">
<span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:#E78C45;mso-fareast-language:DE">Error in `names<-`(`*tmp*`, value = c(NA_real_, NA_real_)) :
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="line-height:10.25pt;background:black;word-break:break-all">
<span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:#E78C45;mso-fareast-language:DE"> </span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:#E78C45;mso-fareast-language:DE">incorrect number of layer names</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:#DEDEDE;mso-fareast-language:DE"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Many thanks for your help,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Vladimir <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">library(MODIS)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">library(gdalUtils)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">MODISoptions(gdalPath="C:/OSGeo4W64/bin")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">setwd("C:/chapter 11")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">getwd()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">gdal_setInstallation(search_path = "C:/OSGeo4W64/bin", rescan = TRUE,ignore.full_scan = TRUE, verbose = FALSE)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">MODIS:::checkTools('GDAL')<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">MODIS:::checkTools('MRT')<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">viname <- "ndvi"<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">product <- "MOD13Q1"<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ofilename <- paste0(product, "_", viname, "_brick.grd")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ofilename<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">pth <- paste0(getwd(), "/raster_data/", product)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">pth<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">fileout <- paste(pth, "/", ofilename, sep="")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">fileout<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">if (!file.exists(fileout)) {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> if (!file.exists(pth)) {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> print("the outfolder does not exist and will be created")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> print(pth)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> dir.create(pth, recursive = TRUE)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">}<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">#dir.create() does not create nested folders by default. set "recursive = TRUE" to do so.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">MODISoptions(localArcPath = pth, outDirPath =pth)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">setwd(pth)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">getwd()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">tileH <- 19<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">tileV <- 10<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">begin <- "2015.01.01"<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">end <- "2015.02.01"<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">modis.hdf <- getHdf(product = product, begin=begin, end=end, tileH=tileH, tileV=tileV, checkIntegrity=TRUE)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">print(modis.hdf)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">for (i in 1:length(modis.hdf[[1]])) {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> ifl <- unlist(strsplit(unlist(strsplit(modis.hdf[[1]][i],<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p>
</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> c("[/]"))) [5], "[.]")) [1]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> ifl<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> print(ifl)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> fn <- paste("cvi_", ifl, ".tif", sep="")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> print(fn)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> if (is.na(ifl) | file.exists(fn)) {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> print("file exists or is not available on the server")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> } else { <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> sds <- get_subdatasets(modis.hdf[[1]][i])<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">}<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">tmp <- rasterTmpFile()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">extension(tmp) <- "tif"<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">library(gdalUtils)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">gdal_translate(sds[1], dst_dataset=tmp, output_Raster=TRUE )<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ndvi <- raster(tmp)/10000<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">writeRaster(ndvi, filename=paste0("ndvi_", ifl, ".tif", sep=""), dataType="INT2U", format="GTiff", overwrite=TRUE)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">tmp2 <- rasterTmpFile()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">extension(tmp2) <- "tif"<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">gdal_translate(sds[12], dst_dataset=tmp2, output_Raster=TRUE )<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR-CH">rel <- crop(x=raster(tmp2), y=raster(tmp2),
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR-CH"> </span><span lang="EN-US">filename=paste("rel_", ifl, ".tif", sep=""),
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> dataType="INT2U", format="GTiff")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">rel<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">f_cleanvi <- function(vi, rel) {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> i <- (rel <= 1)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> res <- matrix(NA, length(i), 1)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> if (sum(i, na.rm=TRUE) > 0) {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> i <- which(i)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> res[i] <- vi[i]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> res<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">}<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">res<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">clvi <- overlay(ndvi, rel, fun=f_cleanvi, filename=fn, dataType="INT2U", overwrite=TRUE)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">clvi<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">rm(ndvi, rel, clvi, tmp, tmp2)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ofl <- list.files(pattern=glob2rx("rel*.tif"))<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">class(ofl)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ofl<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">s <- do.call("brick", lapply(ofl, raster))<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">s<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">names(s) <- as.Date(modis.hdf[[1]], "A%Y%j")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">s<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:DE">Vladimir Wingate<br>
PhD candidate/Doctorant/Doktorand<br>
Physical Geography and Environmental Change<br>
Department of Environmental Science<br>
University of Basel<br>
Klingelbergstrasse 27<br>
Basel 4056 <br>
<br>
e-mail: <a href="mailto:Vladimir.wingate@unibas.ch"><span style="color:blue">Vladimir.wingate@unibas.ch</span></a><br>
Skype: vladwingate<br>
Switzerland: +41 (0) 78 613 6259<br>
Australia: +61 (0) 448 353 105<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;color:#1F497D;mso-fareast-language:DE">Namibia: +264 (0) 81 82 28 881
</span><span lang="EN-GB" style="color:#1F497D;mso-fareast-language:DE"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>